Seguindo os preceitos propostos pelo PPI-PUCSP, o Curso de Medicina definiu rumos inovadores para a formação superior, incorporando novos desenhos curriculares em direção a práticas mais dinâmicas e integradoras do conjunto de experiências que caracterizam o percurso formativo do estudante. Assim, na formulação do Projeto foram consideradas fundamentalmente, as ações de: priorizar a educação problematizadora em detrimento da educação tradicional; centralizar o ensino nas necessidades do aluno; garantir o contato do aluno de Medicina com as realidades de saúde e sócio-econômicas da comunidade desde o primeiro ano da Faculdade; realizar um processo educativo interativo e construtivo; individualizar a educação e promover uma avaliação diferenciada e integral do estudante. De acordo com a nova proposta curricular, o curso deixa de organizar-se por disciplinas e passa a priorizar uma organização multidisciplinar em módulos, de forma a permitir a inter e transdisciplinaridade. Nesse redesenho inserem-se, em 2007, os 1º e 2º anos do curso, sendo que os demais se mantêm na proposta curricular tradicional, anterior. No processo de implantação do novo currículo, o Internato (estágio curricular) passou a ser de 4 semestres, nos dois anos finais do curso: 5º e 6º. O Curso de Medicina da PUC-SP é realizado em tempo integral, tem duração de seis anos, objetivando que o futuro médico seja capaz de resolver os problemas de saúde que mais freqüentemente acometem a população brasileira e esteja apto a promover a saúde, prevenir doenças e tratar os doentes dentro dos valores éticos e humanos, utilizando o conhecimento médico-científico e as habilidades adquiridas no curso, nas áreas de Pediatria, Ginecologia, Obstetrícia, Clínica Médica e Cirúrgica e Medicina Preventiva e Social.